Центр межбюджетных отношений занимается прикладными аналитическими исследованиями в сфере государственных и муниципальных финансов, федерализма и местного самоуправления. Центр осуществляет экспертную поддержку Министерства финансов Российской Федерации в области совершенствования системы межбюджетных отношений.
Цель Центра – способствовать формированию в России системы межбюджетных отношений, ориентированной на достижение приоритетов социально-экономического развития страны.