Деятельность Центра направлена: на осуществление экспертно-методической поддержки Министерства Финансов РФ по разработке методологических подходов и техник управления финансовыми потоками государства, бюджетными активами и пассивами, рисками; формирование научной финансовой школы.
Целями научных исследований и разработок Центра методологии финансового и стратегического управления выступает мониторинг и повышение транспорентности, эффективности управления финансовыми потоками в РФ в сравнительном анализе с за рубежными практиками, в частности стран ОЭСР.